面向国家资源植物收集保护与可持续利用需求，立足于园艺、药用和能源等经济植物资源种质创新与开发利用，致力于资源植物收集与评价、优质高抗性状形成的遗传机制、新品种创制及其产业化应用配套技术、功能化合物开发与应用等研究，为我国特色农业的快速可持续发展提供理论与技术支撑，引领我国特色农业产业的发展。
主任：韩月彭
副主任：高磊、辛海平
中心包含的学科组
| 中心名称 | 学科组名 |
| 特色农业资源植物研究中心 | 猕猴桃种质资源与育种 |
| 净果猕猴桃遗传育种 | |
| 猕猴桃群体基因组学 | |
| 果树分子育种 | |
| 草坪草与牧草分子育种 | |
| 园艺植物基因组与分子改良 | |
| 植物生物信息学 | |
| 药用植物资源学 | |
| 植物化学生物学 | |
| 微藻生物技术 | |
| 园艺作物逆境生物学 | |
| 植物代谢组学 | |
| 药用植物药理学 | |
| 果树品质与抗性生物学 |
