随着二代、三代测序技术的飞跃发展，越来越多的高等植物全基因组信息被破译。相比被子植物，裸子植物因其基因组巨大，重复序列占比高等特征，使得相关全基因组研究工作稍显滞后。自2012年第一个裸子植物火炬松全基因组草图发布，到2022年初苏铁基因组工作完成，标志着包括松柏类、银杏、买麻藤类在内的现存裸子植物四条传代线类群参考基因组均已覆盖。
尽管上述基因组草图绘制完成，但涉及到裸子植物类群复杂基因组结构演化的诸多基础问题有待深入探讨。为此，中科院武汉植物园万涛研究员和王青锋研究员团队应GigaScience邀请，发表了题目为“Evolution of complex genome architecture in gymnosperms”的综述论文，就过去十年裸子植物全基因组研究工作进行了系统梳理，针对其超大基因组形成和演化所关联的遗传机制进行了总结和归纳，并对部分先前的一些结论进行了详细讨论：包括重复序列进化模型、古多倍化争议、长内含子特征及其影响等。对后续学者开展裸子植物全基因组研究提出了四点建议：1）呼吁更多的工作在裸子植物中等基因组大小的类群中展开（4-10 Gbp），同时提升已有松科类群的基因组组装质量；2）针对重复序列应重点关注低拷贝序列的鉴别和进化分析；3）建议关注裸子植物全基因组甲基化图谱的绘制以及长内含子特征的生物学意义探索；4）开展更多高质量裸子植物比较基因组学的研究，补充对裸子植物系统发育关系的讨论，重点关注裸子植物起源古多倍化事件的确立以及对后续谱系发展的潜在贡献。
图：裸子植物全基因组测序组装概况, 复杂基因组特征及进化历史
