建于1956年，占地面积约3.5公顷，主要以收集保育和研究华中地区以及云、桂、川、黔的药用植物为工作重点，目前已收集药用植物1500 余种，是国内外保育药用植物最多的专类园之一，也是武汉植物园对外重要科普宣传展示基地和主要景点之一。
本园主要根据植物的生长习性、科普展示与物种保育需要等分为6个区域：
（1）李时珍药文化科普展示区。本区位于园内中心地带，占地约1000m2，以李时珍雕像为中心，按照人体四大系统，包括呼吸系统、循环系统、消化系统和泌尿系统，进行药用植物的图形化种植和展示。
（2）特色药用植物展示区。主要包括常青油麻藤(Mucuna sempervirens Hemsl.)的植物绞杀现象展示、毒品原植物罂粟及其近缘种虞美人的展示。
（3）药用观赏植物展示区。该区于2021年建设完成，主要包括药用植物花镜、岩石区、枯木区、芳香植物区、紫珠属植物资源展示区等。
（4）药用植物教学展示区。该区选取《中华人民共和国药典》（2020年版）一部收载的常用中药材源植物进行规则式种植池展示，旨在为中医药专业学生、热爱中医药的民众提供药用植物的识别，药用部位和药用价值普及等。
（5）岩生药用植物保育区。该区依高低错落的地形，模拟岩生植物的自然生境，以山、石、水为元素而建，用以保育溪边、湿坡、岩石上附生的药用植物，如水龙骨科蕨类植物石韦等。
（6）荫生药用植物保育区。利用杜仲林、柏树林、池杉林等林下空地，种植和保育喜阴类药用植物，包括名贵药用植物黄连(Ciptis chinensis Franch.)、淫羊藿(Epimedium sagittatium Maxim.)、七叶一枝花(Paris polyphylla smith)、八角莲(Dysosma versipellis M. Cheng.)、马蹄香(Saruma henryi Oliv.)、细辛(Asarum sieboldii Miq.)等。
（7）热带亚热带药用植物保育区（温室）。温室面积约200m2，主要保育来自热带、亚热带的难以在武汉露地越冬的药用植物。
本草园不仅承担着华中地区药用植物的保育与科普工作，还在药用植物种质资源标准化整理、湖北省地道药材规范化种植（GAP）及示范基地建设、湖北省民间习用重要中药材野转家种等研究上开展了大量工作，开发出可大规模推广的药用保健型蔬菜品种3个，获得国家级、省级新品种审（认）定8个。
