我国苹果栽培面积和产量均占据首列，但果实品质遗传与改良研究明显滞后。为克服苹果传统育种周期长、盲目性大、效率低等缺点，加强果实品质性状相关基因的发掘及其紧密连锁分子标记的开发等研究，推动我国苹果分子育种研究，加快我国优质苹果新品种选育，已成为我国苹果产业的迫切要求。
中国科学院植物种质创新与特色农业重点实验室果树分子育种课题组张琼博士在韩月澎研究员的指导下，选用‘金冠’和‘红玉’杂交F1群体，开展了苹果糖、酸含量的QTLs定位研究。首先利用均匀分布在17条染色体的SSRs标记，对29份种质资源进行遗传多样性鉴定，结果表明‘金冠’和‘红玉’遗传差异较大，它们杂交构建的F1群体比较适合遗传连锁图谱的构建。扫描苹果基因组序列，发现了28,538个简单重复序列（SSR），并开发了81个新的SSRs标记，利用这些新开发的SSRs和前人发表的标记对红玉/金冠F1代286个单株的基因型进行了检测，构建了一张苹果基因组连锁遗传图谱，图谱共包括251个位点，总长1720.9 cM，两个标记之间的平均距离为7.3 cM。同时，构建了红玉/金冠F1分离群体的果实品质性状数据库，包括苹果酸、果糖、葡萄糖、蔗糖等组分含量，采用区间作图法在第8号染色体检测到1个与苹果酸含量相关的QTL，LOD值为3.45，能解释16.9%的表型变异。一系列研究不仅为阐明苹果果实甜、酸性状的遗传机制提供了理论基础，而且为果实品质性状的遗传改良提供了分子元件。
该研究得到了973、863、NSFC的资助。部分相关研究成果已在国际刊物Plant Molecular Biology Reporter上刊出（SCI,Top30%）。近期研究成果以“Identification, characterization, and utilization of genome-wide simple sequence repeats to identify a QTL for acidity in apple”为题，在权威期刊BMC Genomics（SCI,Top30%）上在线发表（DOI: 10.1186/1471-2164-13-537）。
论文链接（Plant Molecular Biology Reporter)
29个苹果种质资源的UPGMA聚类树状图
基于SSR标记的苹果遗传图谱
