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被子植物早期演化学科组

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本学科组聚焦于但不仅限于被子植物及主要大类群的早期分化支系（如睡莲目、毛茛目、山龙眼目、菖蒲目等），旨在通过追溯被子植物早期分化关键节点的基因组加倍、染色体重排等基因组演化事件，揭示被子植物及其主要大类群关键性状的起源、演化范式与机制。同时，解析这些早期分支类群中如药用次生代谢物等特有经济性状的演化途径与遗传基础，为相关类群的资源开发与利用提供科学依据。目前已发表SCI论文36篇，其中重要成果以第一或最后通讯作者发表在Nature Plants、Plant Cell、Genome Biology、Molecular Biology and Evolution、Plant Physiology、Plant Journal、Molecular Ecology、Journal of Integrative Plant Biology等期刊。

研究组长

 姓   名 石涛 学   历 博士
职   称 研究员 职   务 博士生导师, PI
通讯地址 武汉市东湖新技术开发区九峰一路201号
邮政编码 430074 电子邮箱 shitao323@wbgcas.cn
姓　名： 石涛
学 历： 博士
职 称： 研究员
职 务： 博士生导师, PI
通讯地址： 武汉市东湖新技术开发区九峰一路201号
邮政编码： 430074
电子邮箱： shitao323@wbgcas.cn
简要履历
2007年本科毕业于华中农业大学，2012年博士毕业于中国科学院大学/中国科学院武汉植物园。长期从事被子植物早期分支关键类群基因组演化与遗传学研究。相关成果以第一或最后通讯作者发表在Nature Plants、Plant Cell等高水平期刊。获得中国科学院青年促进会会员、湖北省青年拔尖人才、湖北省晨光计划、国家自然科学基金面上、青年项目及湖北省自然科学基金青年项目等资助。并受邀担任Plant Physiology、Plant Journal、Plant Biotechnology Journal等植物学领域重要期刊审稿人20余次，以及Plants、Genes的专刊编辑、Cell Press旗下《The Innovation》青年编委。

研究组科研项目

  • 湖北省青年拔尖人才培养计划，2024-01~2026-12，在研，主持（石涛）
  • 国家自然科学基金面上项目，32170240，转座子微进化与基因组结构变异对莲两生态型适应性作用机制研究，2022-01~2025-12，在研，主持（石涛）
  • 湖北省自然科学基金计划青年项目，024AFB314，基于ATAC-seq与DNA甲基化测序探究染色质可及性对莲两生态型适应性分化的作用机制，2024-07~2027-03（高志妍）
  • 国家自然科学基金青年科学基金项目，31700197，温带莲与热带莲杂交F1代的等位基因特异性表达研究，2018-01~2020-12，已结题，主持（石涛）
  • 中国科学院青年创新促进会会员，2019335，水生植物基因组学研究，2019-01~2022-12，已结题，主持（石涛）
  • 湖北省自然科学基金计划青年项目，2019CFB275，全球野生莲属植物的遗传与表型多样性评价，2019-01~2020-12，已结题，主持（石涛）

研究组代表成果

代表性论文：
  1. Shi T, Huneau C, Zhang Y, Li Y, Chen JM*, Salse J*, Wang QF*. 2022. The slow-evolving Acorus tatarinowii genome sheds light on ancestral monocot evolution. Nature Plants, 8: 764-777.
  2. Shi T#*, Gao ZY#, Chen JM, Van de Peer Y*. 2024. Dosage sensitivity shapes balanced expression and gene longevity of homoeologs after whole-genome duplications in angiosperms, The Plant Cell, 36(10): 4323–4337.
  3. Shi T*, Chen JM*. 2020. A reappraisal of the phylogenetic placement of the Aquilegia whole-genome duplication. Genome Biology, 21: 295.
  4. Shi T, Rahmani RS, Gugger PF, Wang MH, Li H, Zhang Y, Li ZZ, Wang QF*, Peer YVd*, Marchal K*, Chen JM*. 2020. Distinct expression and methylation patterns for genes with different fates following a single whole-genome duplication in flowering plants. Molecular Biology and Evolution, 37(8): 2394-2413.
  5. Gao ZY, Yang XY, Chen JM*, Rausher MD*, Shi T*. 2023. Expression inheritance and constraints on cis- and trans-regulatory mutations underlying lotus color variation. Plant Physiology, 191(3): 1662-1683.
  6. Zhang Y, Yang XY, Peer YVd, Chen JM*, Marchal K*, Shi T*. 2022. Evolution of isoform-level gene expression patterns across tissues during lotus species divergence. The Plant Journal, 112(3): 830-846.
  7. Shi T, Wang K, Yang PF*. 2017. The evolution of plant microRNAs-insights from a basal eudicot sacred lotus. The Plant Journal, 89(3): 442-457.
  8. Li H, Yang XY, Wang QF, Chen JM*, Shi T*. 2021. Distinct methylome patterns contribute to ecotypic differentiation in the growth of the storage organ of a flowering plant (sacred lotus). Molecular Ecology, 30:2831–2845.
  9. Li H, Yang XY, Zhang Y, Gao ZY, Liang YT, Chen JM*, Shi T*. 2021. Nelumbo genome database, an integrative resource for gene expression and variants of Nelumbo nucifera. Scientific Data, 8: 38.
  10. Shi T, Huang HW, Sanderson MJ, Tax FE*. 2014. Evolutionary dynamics of leucine-rich repeat receptor-like kinases and related genes in plants: A phylogenomic approach. Journal of Integrative Plant Biology, 56(7): 648-662.
专著：
  1. 《Underutilised Crop Genomes. Compendium of Plant Genomes》章节Advances and Prospects in Genomic and Functional Studies of the Aquatic Crop, Sacred Lotus，Springer, Cham出版社


 姓   名 高志妍 学  历 博士
职   务
职   称 助理研究员
通讯地址 武汉市东湖新技术开发区九峰一路201号
邮政编码 430074 电子邮箱 gaozhiyan@wbgcas.cn
姓　名： 高志妍
学 历： 博士
职 称： 助理研究员
职 务：
通讯地址： 武汉市东湖新技术开发区九峰一路201号
邮政编码： 430074
电子邮箱： gaozhiyan@wbgcas.cn
简要履历

2022年6月博士毕业于中国科学院武汉植物园，2023年2月入职武汉植物园。主要进行被子植物早期分支类群的微观演化与遗传学研究，重点关注莲属植物关键表型多样化（莲藕膨大、花色、花瓣瓣化等）的群体遗传和顺反式遗传变异调控规律与机制。相关研究成果以第一作者或共同作者发表于The Plant Cell、Plant Physiology、Plant Molecular Biology、Frontiers in Plant Science等期刊。