植物多样性研究中心
| 姓 名： | 石涛 |
|---|---|
| 职 称： | 研究员 |
| 职 务： | 博士生导师，PI |
| 电话/传真： | 027-87700881/027-87700877 |
| 电子邮件： | shitao323@wbgcas.cn |
| 所属课题组： |
简要履历：
| 2022.12- | 中国科学院武汉植物园 | 研究员 |
| 2018.9-2022.11 | 中国科学院武汉植物园 | 副研究员 |
| 2015.11-2018.8 | 中国科学院武汉植物园 | 助理研究员 |
| 2013.9-2015.10 | 兰州大学 | 博士后 |
| 2007.9-2012.6 | 中国科学院大学/中国科学院武汉植物园 | 植物学专业，博士研究生 |
| 2004.9-2007.6 | 华中科技大学 | 英语双学位 |
| 2003.9-2007.6 | 华中农业大学 | 本科 |
研究领域：
以莲和石菖蒲等早期分支水生类群为主要研究对象：（1）从宏观演化上揭示真双子叶植物和单子叶植物早期关键古多倍化（paleopolyploidy）历史以及染色体核型结构的演化规律，以及剂量平衡（dosage-balance）效应对于古多倍化后复制基因命运、复制基因不同拷贝间表达、表观遗传修饰与功能的不对称演化（asymmetry）的作用机制；（2）从微观演化上揭示莲属植物关键表型多样化（莲藕膨大、花色、单瓣重瓣等）的群体遗传、表观遗传修饰、非编码RNA调控和等位基因顺反式调控规律与机制等。
相关研究成果以第一作者或最后通讯作者发表在Nature Plants、Genome Biology、Molecular Biology and Evolution、Plant Physiology、Plant Journal和Molecular Ecology等国际知名期刊，合计发表SCI论文34篇，并构建莲基因组与遗传变异数据库http://nelumbo.cngb.org/nelumbo/。
社会任职：
多次担任Plant Physiology、Plant Journal、Plant Biotechnology Journal、Horticultural Research、Genome Biology and Evolution、BMC Biology、BMC Genomics、Frontiers in Plant Science、Journal of Systematics and Evolution、Journal of Plant Physiology和Aquatic Botany等植物学、基因组学、进化生物学等领域期刊审稿人；Plants杂志客座编辑；中国科学院青年促进会会员。
获奖及荣誉：
2023 湖北省青年拔尖人才
2023 湖北省优秀科技论文（2021-2023）
2020 中国科学院武汉植物园明星员工
2019 中国科学院青年创新促进会会员
2017 中国科学院武汉植物园明星员工
2016 第三十界全国荷花展优秀论文奖
2014 全国植物生物学大会墙报优秀奖
2010 中科院武汉分院“昌华奖学金优秀奖”
代表论著：
代表论文
- Shi T, Huneau C, Zhang Y, Li Y, Chen JM*, Salse J*, Wang QF*. 2022. The slow-evolving Acorus tatarinowii genome sheds light on ancestral monocot evolution. Nature Plants, 8: 764-777.
- Shi T#*, Gao ZY#, Chen JM, Van de Peer Y*. 2024. Dosage sensitivity shapes balanced expression and gene longevity of homoeologs after whole-genome duplications in angiosperms, The Plant Cell, 36(10): 4323–4337.
- Shi T*, Chen JM*. 2020. A reappraisal of the phylogenetic placement of the Aquilegia whole-genome duplication. Genome Biology, 21: 295.
- Shi T, Rahmani RS, Gugger PF, Wang MH, Li H, Zhang Y, Li ZZ, Wang QF*, Peer YVd*, Marchal K*, Chen JM*. 2020. Distinct expression and methylation patterns for genes with different fates following a single whole-genome duplication in flowering plants. Molecular Biology and Evolution, 37(8): 2394-2413.
- Gao ZY, Yang XY, Chen JM*, Rausher MD*, Shi T*. 2023. Expression inheritance and constraints on cis- and trans-regulatory mutations underlying lotus color variation. Plant Physiology, 191(3): 1662-1683.
- Zhang Y, Yang XY, Peer YVd, Chen JM*, Marchal K*, Shi T*. 2022. Evolution of isoform-level gene expression patterns across tissues during lotus species divergence. The Plant Journal, 112(3): 830-846.
- Shi T, Wang K, Yang PF*. 2017. The evolution of plant microRNAs-insights from a basal eudicot sacred lotus. The Plant Journal, 89(3): 442-457.
- Li H, Yang XY, Wang QF, Chen JM*, Shi T*. 2021. Distinct methylome patterns contribute to ecotypic differentiation in the growth of the storage organ of a flowering plant (sacred lotus). Molecular Ecology, 30:2831–2845.
- Li H, Yang XY, Zhang Y, Gao ZY, Liang YT, Chen JM*, Shi T*. 2021. Nelumbo genome database, an integrative resource for gene expression and variants of Nelumbo nucifera. Scientific Data, 8: 38.
- Shi T, Huang HW, Sanderson MJ, Tax FE*. 2014. Evolutionary dynamics of leucine-rich repeat receptor-like kinases and related genes in plants: A phylogenomic approach. Journal of Integrative Plant Biology, 56(7): 648-662.
专著
- 《Underutilised Crop Genomes. Compendium of Plant Genomes》章节Advances and Prospects in Genomic and Functional Studies of the Aquatic Crop, Sacred Lotus， Springer, Cham出版社
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